[양도세] 상가주택 양도소득세, 이것부터 확인하세요 (2편)

1편에서는 상가주택 비과세 판단의 기본 구조를 살펴봤습니다.

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다음으로 상가주택인 경우 장기보유특별공제 적용방식, 부가가치세 발생여부 및 세율적용과 같은 점들을 궁금해 하실 수 있습니다.

"1세대1주택 요건은 갖췄는데 상가부분도 비과세가 되나요?", "상가 부분은 장기보유특별공제를 얼마나 받을 수 있나요?", "상가 임대사업자인데 부가가치세도 내야 하나요?", "상가 주택도 다주택자 중과세율을 적용받나요?"

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이번 2편에서는 상가주택 양도 시 놓치기 쉬운 장기보유특별공제, 가액 안분, 부가가치세 문제를 정리해보겠습니다.

1세대 1주택 비과세는 주택 부분의 양도차익에 대해 세금을 과세하지 않는 제도입니다.

하지만 상가주택에서는 다음 두 가지를 추가로 확인해야 합니다.

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첫째, 주택 부분이 고가주택에 해당하는 경우입니다. 주택 부분 양도가액이 12억 원을 초과하는 고가주택은 전액 비과세가 아닙니다. 12억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익은 과세됩니다.

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둘째, 상가 부분은 원칙적으로 1세대 1주택 비과세 대상이 아닙니다. 주택 부분에 비과세가 적용되더라도, 상가 부분에서 발생한 양도차익은 별도로 과세됩니다.

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결국 상가주택은 하나의 건물이지만, 세금 계산에서는 주택 부분과 상가 부분을 나누어 계산해야 하는 구조이며, 비과세 판단 이후에도 장기보유특별공제 계산이 남아 있습니다.

장기보유특별공제는 부동산을 3년 이상 보유한 경우 양도차익에서 일정 금액을 공제해주는 제도입니다. 보유기간이 길수록 공제율이 높아지는 구조입니다.

상가주택에서는 주택 부분과 상가 부분에 각각 다른 공제율이 적용됩니다. 2022년 1월 1일 이후 양도하는 고가 겸용주택부터 이 구분이 명확해졌습니다.

주택 부분은 2년 이상 거주 요건을 충족한 경우 보유기간에 따라 연 4%, 거주기간에 따라 연 4%가 각각 반영되어 최대 80%까지 공제가 가능합니다. 반면 상가 부분은 거주 개념 자체가 없으므로 보유기간 기준 연 2%, 최대 30%만 적용됩니다.

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예를 들어 10년 보유, 주택에서 2년간 거주한 상가주택을 생각해보겠습니다. 주택 부분이 1세대 1주택 요건을 충족한다면, 보유기간 10년 × 연 4% = 40%에 거주기간 2년 × 연 4% = 8%를 합해 총 48%의 공제율이 적용됩니다. 반면 상가 부분은 같은 기간을 보유했더라도 10년 × 연 2% = 20%만 적용됩니다. 같은 건물 안에 있는 두 공간이지만 공제율 차이가 두 배 이상 납니다.

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다주택자의 경우에도 주의할 점이 있습니다.

상가주택도 기본적으로 다주택 중과대상 주택 수에 산입해야 한다는 것입니다. 다만, 국세청 예규(서면4팀-886, 2004.6.17.)에 따르면, 겸용주택 외에 다른 주택을 보유하고 있어 주택 부분에 다주택 중과세율이 적용되는 경우에도 상가 부분은 중과 대상이 아니며, 일반세율 과세와 장기보유특별공제(최대 30%) 적용을 받을 수 있습니다.

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또한 다주택자가 주택을 상가로 용도변경한 후 양도한 경우라면, 장기보유 특별공제 보유 기간은 용도변경일로 기산합니다.

(사전-2022-법규재산-0881 [법규과-3730])​

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다만 다주택자라도 현재 중과 적용이 한시적으로 배제된 기간 중이라면 주택 부분도 일반세율로 과세되고 장기보유특별공제를 적용받을 수 있습니다. 이 한시 배제는 2026년 5월 9일까지이므로, 상가주택을 포함한 다주택자가 주택을 매도를 계획하고 계시다면 이 시한을 반드시 확인해야 합니다.

상가주택을 양도할 때는 전체 매매가액을 하나로만 두고 계산하기 어렵습니다. 양도소득세와 부가가치세 계산을 위해서는 다음과 같이 가액을 나누어 보아야 합니다.

매매계약서에 주택 부분, 상가 부분, 토지 부분의 가액을 구분해 기재하면 그에 따릅니다. 구분 기재가 없거나 불분명한 경우에는 감정평가액이 있으면 감정가액 비율로, 없으면 기준시가 비율로 안분합니다. 주택 부분은 개별주택가격, 상가 건물과 토지는 기준시가를 기준으로 안분계산합니다.

다만 계약서에 가액을 나누어 적었다고 해서 세법이 무조건 그 금액을 인정하는 것은 아닙니다. 계약서상 구분 가액이 기준시가 안분 금액과 30% 이상 차이가 나면 기준시가 안분 금액으로 강제 적용됩니다.

이 규정은 양도소득세와 부가가치세 양쪽에 모두 적용됩니다. 주택 부분에 비과세가 적용된다고 해서 주택 가액을 과도하게 높이고 상가 건물분 가액을 지나치게 낮추는 방식은 위험합니다. 반대로 기준시가의 30% 범위 안에서의 구분은 인정되기 때문에, 계약서 작성 전에 미리 기준시가 안분 비율을 확인해두는 것이 절세 측면에서 유리합니다.

상가주택 양도에서 많이 놓치는 부분이 부가가치세입니다. 양도소득세만 신경 쓰다가 부가가치세를 놓치는 경우가 발생하기도 합니다.

일반과세자가 상가 임대업 등에 사용하던 건물을 양도하는 경우 상가 건물분 가액의 10%를 부가가치세로 신고·납부하고 세금계산서를 발급해야 합니다.

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※ 간이과세자의 경우 일반과세자와 다른 계산 구조를 따릅니다. 실제 납부세액은 공제세액과 과세유형에 따라 달라질 수 있으므로 개별 사례 검토가 필요합니다.

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따라서 상가주택을 양도할 때는 양도소득세뿐 아니라 매도인이 일반과세자인지 간이과세자인지, 상가 건물분 가액이 얼마인지, 세금계산서 발급이 필요한지까지 함께 확인해야 합니다.

상가 건물분 부가가치세를 줄이기 위해 실무에서 자주 검토하는 것이 사업의 포괄양수도입니다. 사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 사업 양도를 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정하고 있습니다.

단순히 건물만 파는 것이 아니라 임대사업 자체를 넘기는 경우에는 부가가치세 과세 대상에서 제외될 수 있다는 의미입니다.

다만 계약서에 "포괄양수도"라고 적는 것만으로 인정되지 않습니다. 실제로 다음 요소들이 실질적으로 충족되어야 합니다.

포괄양수도와 관련해 실무에서 자주 놓치는 포인트가 하나 있습니다. 하나의 사업장에서 두 가지 이상의 사업을 겸영하는 사업자가 그중 특정 사업만 양도하는 경우는 포괄양수도에 해당하지 않습니다. 상가주택 매도인이 같은 사업장에서 임대업 외 다른 사업도 겸영하고 있었다면 이 부분을 먼저 확인해야 합니다.

매수인이 기존 임대사업을 승계하지 않고 곧바로 철거하거나 자가사용하거나 임대사업과 무관한 용도로 사용할 예정이라면 포괄양수도 인정이 어렵습니다. 반면 양수인이 취득 후 일부 사업 종류를 추가하거나 변경하는 것만으로는 포괄양수도가 부인되지 않습니다.

기존 사업의 권리와 의무가 실질적으로 포괄 승계는지가 중요한 것입니다.

상가주택 매매계약서에는 다음 내용을 미리 확인하고 명확히 정리해두는 것이 좋습니다.

특히 부가가치세는 계약서 작성 단계에서 정리하지 않으면 나중에 분쟁이 생기기 쉽습니다. 매도인은 "부가세 별도"라고 생각했지만 계약서에 명확히 적혀 있지 않은 경우 매수인은 매매가액에 포함된 것으로 주장할 수 있습니다. 반대로 매수인 입장에서는 세금계산서를 받을 수 있는지 여부가 매입세액 공제와 연결됩니다. 상가 건물분 부가세를 별도로 받을 것인지, 매매가액에 포함할 것인지, 포괄양수도로 처리할 것인지를 계약 전에 합의하고 계약서에 명시해야 합니다.

상가주택은 하나의 건물이지만 세금 계산에서는 주택·상가·토지·건물을 각각 나누어 보아야 합니다. 비과세 여부만 확인하고 끝냈다가 상가 부분 양도세, 장기보유특별공제 차이, 부가가치세 문제를 뒤늦게 알게 되는 경우가 적지 않습니다. 상가주택을 양도할 계획이라면 매매계약을 체결하기 전에 면적 구분, 가액 안분, 부가가치세 처리, 포괄양수도 가능성까지 함께 검토해두는 것이 안전합니다.

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